Субстанции инь и ян представляют собой путь-Дао нёба и земли. Они играют роль подбора и ячеи сети для десяти тысяч сущностей. Они мать и отец изменений и трансформаций. Они корень и начало рождения и смерти.
— Хуан-ди нэй цзин (пер. Б.Б.Виногродского)
В основе функционирования физиологии человека лежит преобразование ци 氣. В процессе такого преобразования ци обретает различные формы, находится в движении, конденсируется и рассеивается. В наиболее плотном состоянии ци образовывает материальное тело, которое по соответствию инь-ян 陰陽 относится к инь, как наиболее плотное и тяжелое. В разреженной форме —трансформируется и относится к ян. Инь и ян ци представляют базовую основу физиологии, от которой зависит движение, рождение, рост и размножение.
В общем значении, на трансформации ци основываются все физиологические процессы, которые происходят путем преобразования ци Тройным Обогревателем. Трансформация и циркуляция ци является важной для течения крови, с ее помощью осуществляется трансформация цзин 精, процессы пищеварения, переработка жидкостей и усвоение веществ, поддержание увлажнения сухожилий и кожи, выведение отходов, защита от внешних вредоносных факторов.
Движущая сила, или изначальная юань ци 元氣, которая обеспечивает преобразование ци, возникает в области между почками. Юань ци тесно связана с цзин, который хранится в почках, при этом она представляет собой более разреженную форму, чем цзин. Юань ци проходит через Тройной Обогреватель, распределяется по внутренним органам и системе каналов. К ее функциям относится преобразование смешанной ци, поступающей из пищи и воздуха в истинную ци, трансформация ци пищи в кровь, на ней основывается физиологическая активность почек и т.д. Таким образом, юань ци является источником жизни, основой всех движений и трансформаций в организме.